由于医院废水的特殊性，其处理方法与一般的生活污水和其他工业废水处理也有所不同，特别是其中的病原细菌，具有很强的传染性和潜伏性，因此需要在杀菌消毒环节使用灭火能力好的消毒剂，对于处理量较大的医院，使用二氧化氯设备持续定量的投加是目前最好的方法。

二氧化氯对细菌的细胞壁有很强的穿透性和吸附能力，对细菌病毒等具有很好的灭火能力。除此之外，还能有效的消灭大肠杆菌等有害病毒，在很短的时间能就能达到杀菌效果，这些是氯气和漂白粉等消毒剂做不到的，因此，医院废水消毒杀菌应该首选二氧化氯设备。

随着废水处理技术的不断提升，制取二氧化氯的方法日趋成熟，促使二氧化氯设备在消毒领域大显身手，有效降低医院废水消毒的成本。