医院污水消毒设备的的消毒方式有很多种类和设备，例如投加漂白粉、液氯、次氯酸钠发生器、电解法二氧化氯、化学法二氧化氯等等。
影响医院污水消毒效果的主要原因是消毒剂失效以及设备故障，调查数据显示，漂白粉存放的时间长，极易受潮，消毒效果也随之降低，同时消毒粉在消毒过程中，会产生刺鼻性气味，不利于操作人员的身体健康；液氯则容易出现投氯阀门泄露的情况，在安全方面有潜在的危险；次氯酸钠发生器最容易出现电极烧坏、镀层脱落的故障，而且设备运行费用高；电解二氧化氯对操作的技术要求比较高，设备容易出现在隔膜损坏，后期维修成本高；化学法二氧化氯是故障率最低的消毒方式，操作人员易于上手，此法能有效的将医院污水中的硫、酚、仲胺、硫醇等有害物质进行氧化，从而改善水质，且不生成氯代有机物。
因此，大多数医院污水处理设备都选用化学法二氧化氯对污水进行消毒环节的处理。
